Pembinaan Kepribadian bagi Warga Binaan Pemasyarakatan (WBP) di Lapas Kelas IIA Yogyakarta khususnya bidang Kerohanian Islam memiliki konsep baru, yaitu berupa Madrasah Alquran “Al Fajar”. Ini merupakan konsep pembinaan melalui pendekatan keagamaan dan mental-spiritual di lingkungan Lembaga Pemasyarakatan (Lapas) Kelas IIA Yogyakarta bagi Warga Binaan Pemasyarakatan (WBP) yang beragama Islam. Secara struktural, kegiatan madrasah menjadi bagian dari layanan pendidikan di bawah kewenangan Seksi Pembinaan Narapidana (Binapi). Kegiatan pembelajaran Madrasah Al Qur’an dimulai pada tanggal 21 Maret 2018. Sedangkan peresmian pendiriannya, ditandai dengan penandatanganan prasasti oleh Kepala Lapas Kelas IIA Yogyakarta saat itu, Satriyo Waluyo, Bc.I.P., S.H., M.Si. dengan disaksikan oleh Kepala Kementerian Agama Kota Yogyakarta dan Ketua Baznas DIY pada hari Jumat, 12 Mei 2018. Pada tahun 2022, Madrasah Alquran “Al Fajar” telah melaksanakan wisuda ke-6 dan lebih dari 300 orang WBP telah diwisuda.